O Cepan atua em quatro áreas estratégicas para conservação da biodiversidade dos biomas brasileiros.
São elas: Valoração do Capital Natural, apoio à conservação de Fauna e Flora e Implementação de Políticas públicas Ambientais, além de Apoio a Pesquisas. Toda a operacionalização prática das atividades desenvolvidas pelo Cepan seguem os programas desenvolvidos pela instituição que tem objetivo principal sintetizar as diferentes frentes de atuação prezando pelo embasamento técnico e eficiência na condução dos programas.